Влияние олигонуклеотида-стоппера на размер и термическую стабильность конкатемерных комплексов

Многокомпонентные полимерные ассоциаты на основе нуклеиновых кислот успешно используют в качестве доставщиков лекарств и генов в клетки, при манипуляциях с рестрикционными фрагментами ДНК, а также в качестве усилителей сигнала молекулярной гибридизации. Однако особенности формирования таких систем не достаточно изучены. В данной работе проведено экспериментальное исследование влияния компонента, обрывающего рост конкатемерной цепи, на длину и термическую стабильность многокомпонентного комплекса. Показано, что добавление к полимерному комплексу, состоящему из двух типов олигонуклеотидов, олигонуклеотидастоппера приводит к уменьшению длины конкатемерных комплексов пропорционально концентрации обрывающего рост цепи компонента. Исследование термостабильности таких ДНК-структур показало, что влияние стоппера на температуру плавления имеет концентрационный характер. Предложена модель, которая позволит прогнозировать термостабильность, распределение по длине и длину конкатемерного комплекса, построенного из двух олигонуклеотидов в присутствии стоппера, вклад которого в наблюдаемую интенсивность сигнала максимален.

Ключевые слова:
конкатемерные структуры, ДНК, термодинамика, олигонуклеотиды, самоассоциация, стоппер
Источник финансирования:
Работа поддержана Лаврентьевским конкурсом молодежных проектов СО РАН, программой Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», грантами РФФИ (№ 10-04-01492-а), НШ 7101.2010.4, ГК № П1073 и Междисциплинарными интеграционными проектами (№ 39 и 76). Авторы выражают благодарность Т. Ю. Бушуевой за синтез олигонуклеотидов
УДК [536.7:544-971.62:577.323]:577.113.4/.7

Влияние олигонуклеотида-стоппера на размер и термическую стабильность конкатемерных комплексов