Самоподобие потоков укладки белков

Проблема укладки белка в функциональное (нативное) состояние – одна из центральных проблем молекулярной биологии, привлекающая внимание биологов, физиков и химиков в течение многих лет. Особый интерес представляют общие закономерности процесса укладки, поскольку механизмы укладки разных белков могут сильно различаться. Ранее, при исследовании процесса укладки fyn SH3 домена, нами было обнаружено, что при всем многообразии и сложности поведения индивидуальных траекторий укладки, потоки вероятностей укладки обладают выраженным свойством самоподобия, причем распределение потоков носит фрактальный характер. В данной работе мы исследуем это явление на примере другого белка – beta3s, который существенно отличается от fyn SH3 домена как по структуре, так и по кинетике укладки. Кроме того, в отличие от fyn SH3, для которого использовалось огрубленное представление, мы проводим моделирование на атомном уровне разрешения. Показано, что свойства самоподобия и фрактальности потоков укладки хорошо выражены и в этом случае, что дает основание предполагать, что они являются характерными для динамики укладки белков.