Информационно-аналитическая система с алгоритмами геномного анализа патогенов вирусных инфекций

Работа посвящена описанию структуры информационно-аналитической системы «Ixodes», ориентированной на работу c представительной коллекцией иксодовых клещей из разных биотопов, а именно для территорий Алтая, Сибири и Дальнего востока. Показаны варианты применения системы для анализа генетического разнообразия клещей и переносимых ими патогенов при помощи методов статистической обработки в виде круговых и столбчатых диаграмм (гистограмм). Описаны реализованные алгоритмы, позволяющие проводить анализ генетической последовательности исследуемого патогена на основе L-граммного подхода и методами
разбиения филогенетического дерева на группы близких последовательностей. При этом для первичной обработки набора геномов используются методы множественного выравнивания последовательностей и метод присоединения соседей, позволяющий выполнить построение филогенетического дерева. Представленные алгоритмы и методы использовались для решения задачи генотипирования вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Представлены результаты апробации для методов разбиения филогенетического дерева и их сравнительный