Информационно-аналитическая система с алгоритмами геномного анализа патогенов вирусных инфекций

Черненко Владислав Валерьевич
1. Институт вычислительных технологий СО РАН
vlavlad.chernenko@gmail.com
Молородов Юрий Иванович
1. Институт вычислительных технологий СО РАН
yumo@ict.sbras.ru
Материал поступил в редколлегию 03.12.2018
Работа посвящена описанию структуры информационно-аналитической системы «Ixodes», ориентированной на работу c представительной коллекцией иксодовых клещей из разных биотопов, а именно для территорий Алтая, Сибири и Дальнего востока. Показаны варианты применения системы для анализа генетического разнообразия клещей и переносимых ими патогенов при помощи методов статистической обработки в виде круговых и столбчатых диаграмм (гистограмм). Описаны реализованные алгоритмы, позволяющие проводить анализ генетической последовательности исследуемого патогена на основе L-граммного подхода и методами
разбиения филогенетического дерева на группы близких последовательностей. При этом для первичной обработки набора геномов используются методы множественного выравнивания последовательностей и метод присоединения соседей, позволяющий выполнить построение филогенетического дерева. Представленные алгоритмы и методы использовались для решения задачи генотипирования вируса клещевого энцефалита (ВКЭ). Представлены результаты апробации для методов разбиения филогенетического дерева и их сравнительный
анализ. Описана архитектура информационно-аналитической системы для анализа набора геномов. Система предназначена для анализа множества геномов и их классификации, а именно для анализа генотипов внутри одного вида живых организмов, поскольку методы направлены для выделения различий геномов, имеющих схожую структуру.

Выходные данные: Черненко В. В., Молородов Ю. И. Информационно-аналитическая система с алгоритмами геномного анализа патогенов вирусных инфекций. Вестник НГУ. Серия: Информационные технологии. 2019. Т. 17, № 1. С. 90–100. DOI: 10.25205/1818-7900-2019-17-1-90-100